Nelissen werd in 2006, in laatste instantie na een jarenlange juridische procedure, door het gerechtshof in Den Haag veroordeeld tot een voorwaardelijke gevangenisstraf van een half jaar omdat hij een patiënte met baarmoederhalskanker reguliere behandeling had onthouden.
De rechter oordeelde: `De verdachte heeft beroepsmatig handelend de gezondheid van de vrouw opzettelijk benadeeld en haar geruime tijd voorgehouden dat zij kon wachten met het voortgaan in het regulier medische traject. Dit heeft haar ziekte aanzienlijk verergerd. De verdachte, nog steeds in dezelfde beroepsmatige hoedanigheid werkzaam, heeft er ter zitting blijk van gegeven het laakbare van zijn handelen niet in te zien. Het hof rekent dat de verdachte zwaar aan.´
De vrouw om wie het hier gaat was José Krijnen, de eerste echtgenote van Roel van Duijn, oud-wethouder en later gemeenteraadslid van De Groenen in Amsterdam; Van Duijn was in de jaren tachtig oprichter van Provo en later van de Kabouter-beweging.
Hij deed aangifte bij de politie over de handelwijze van Nelissen. Dat leidde uiteindelijk tot diens veroordeling. In 1998 schreef Van Duijn zijn relaas hierover op in een artikel in Trouw. Skepter, het tijdschrift van de stichting Skepsis, nam dit stuk over. Nelissen zou meer doden op zijn geweten hebben. Ook de partner van de inmiddels overleden popzanger Wally Tax van de popgroep The Outsiders zou door nalatigheid en onachtzaamheid van Nelissen zijn overleden, eveneens aan baarmoederhalskanker.
